Apresentaram problemas apenas os rios Acaraú (em Ubatuba) e Lagoa (em Caraguatatuba), aonde a qualidade foi Ruim e o rio Quilombo (em Ilhabela), aonde a qualidade foi Regular
A CETESB monitora a qualidade da água dos principais corpos d’água de todos os munícipios do Litoral Norte: Ubatuba, Caraguatatuba, São Sebastião e Ilha Bela. Em 2021 foram monitorados, para a análise de cerca de 60 variáveis físicas, químicas e biológicas em pelo menos em três campanhas, os seguintes corpos d’água/rios:
Ubatuba: Itamambuca, Indaiá, Grande, Lagoa ou Tavares, Acaraú, Perequê-Mirim, Escuro, Lagoinha, Maranduba;
Caraguatatuba: Tabatinga, Mocooca, Cocanha, Guaxinduba, Santo Antonio, Lagoa, Juqueriquerê, São Franscisco;
São Sebastião: Maresias, Boiçucanga/Grande, Camburi, Vala Praia da Baleia, Saí, Una;
Ilha Bela: N. Sra. Ajuda, Quilombo, Água Branca, das Tocas.
Para fornecer ao público uma visão geral da qualidade da água, a CETESB utiliza índices de qualidade, uma vez que os mesmos integram os resultados de diversas variáveis em um único indicador. Dentre os índices, o IQA (Índice de Qualidade das Águas) é utilizado para informar a qualidade em relação à presença de efluentes domésticos de natureza biodegradável, uma vez que a qualidade da maioria dos corpos d’água no litoral norte é influenciada pela situação de saneamento dos municípios.
O IQA é calculado a partir dos resultados das análises trimestrais de nove variáveis de qualidade: Oxigênio Dissolvido, bactéria fecal Escherichia coli, Demanda Bioquímica do Oxigênio (DBO), Fósforo Total, Nitrogênio Total, Turbidez, pH, Temperatura da água e Sólido Total. Em função da pontuação obtida, a classificação desse índice é dividida em cinco categorias de qualidade: Ótima, Boa, Regular, Ruim e Péssima. A média anual do IQA em cada ponto é calculada a partir da média aritmética dos resultados trimestrais do IQA.
A média anual do IQA de 2021 e dos últimos 5 anos (2016 a 2020) indicou qualidade Boa para a grande maioria dos corpos d’água monitorados nos quatro municípios, com exceção dos rios Acaraú (em Ubatuba) e Lagoa (em Caraguatatuba), aonde a qualidade foi Ruim e o rio Quilombo (em Ilhabela), aonde a qualidade foi Regular. As classificações Ruim e Regular do IQA foram influenciadas pelo lançamento de esgotos domésticos sem tratamento, inclusive de áreas irregulares.
Balneabilidade
A Cetesb monitora ainda a foz de alguns rios que desaguam em praias da região. Entre os rios monitorados semanalmente, estão o rio Itamambuca, em Ubatuba e o rio Lagoa, em Caraguatatuba, que são muito procurados por banhistas durante o verão.
O rio Itamambuca, de acordo com os boletins divulgados pela Cetesb, esteve poluído por dez semanas em 2022, inclusive, nas últimas cinco semanas. O rio Lagoa, em Caraguatatuba, é avaliado uma vez por mês, e em nenhuma delas esteve com suas águas poluídas, segundo a Cetesb.