Caraguatatuba é a cidade do litoral norte com melhor cobertura em coleta de esgoto. Segundo a Sabesp, o índice de coleta de esgotos é de 87,1% e 100% de tratamento. Em São Sebastião, o índice é de 68,1%,; em Ilhabela, de 61,2%; e, em Ubatuba, de 52,6%.
Os investimentos em saneamento básico foram intensificados nas administrações do ex-prefeito Antônio Carlos, que inclusive chegou a emprestar dinheiro do município para a empresa agilizar obras na cidade e mantidos nas gestões do prefeito Aguilar Júnior.
No final de 2019, Aguilar Júnior renovou o contrato com a empresa que garantiu investimento de R$ 422 milhões em água e esgoto ao longo de 30 anos. Na ocasião do contrato, em outubro de 2019, Caraguatatuba tinha 87% de moradias com esgoto coletado e tratado e 98% de moradias com água encanada e tratada.
A prioridade em esgotamento sanitário eram as obras do Jardim Gaivotas, ampliação dos sistemas de esgotos Indaiá, Jardim Adalgisa; implantação de coleta de esgotos para os bairros Golfinho, Jardim Terralão e melhoria dos sistemas Martim de Sá e Jaraguazinho, com implantação de novas redes e ampliação da cobertura em esgotos para imóveis atualmente não atendidos.
Segundo a Sabesp, em Caraguatatuba, os empreendimentos já concluídos são: novos sistemas de esgotamento do Jardim Gaivotas (com investimentos de R$ 12,2 milhões); do Jardim Adalgisa (R$ 1,2 milhão) e do Jardim Califórnia (R$ 1 milhão).
A empresa informou que estão em andamento melhorias no sistema de abastecimento para redução de perdas (R$ 17,65 milhões); implantação de redes de abastecimento de água em Pegorelli e Perequê Mirim; e implantação de redes coletoras de esgoto no Perequê Mirim, no Jaguarazinho, no Golfinhos Bacia 1, no Terralão e Martim de Sá; e no Jardim Palmeiras. No município, o índice de coleta de esgotos é de 87,1% e 100% de tratamento.