O Rio Juqueriquerê, em Caraguatatuba, é o maior rio do Litoral Norte. O Juqueriquerê tem grande importância para o município. Muito da história da cidade tem profunda relação com o rio cujo nome tem origem tupi-guarani e significa planta dorminhoca ou sensitiva , uma plantinha que ao ser tocada murcha e que existe em abundância em suas margens.
Caraguá começou a ser povoada no início de 1600, através das sesmarias- a primeira que se conhece ocupou a bacia do Rio Juqueriquerê em 1609 e foi doada pelo capitão-mor Gaspar Conqueiro aos antigos moradores de Santos, Miguel Gonçalves Borba e Domingos Jorge, como prêmio por serviços prestados a Capitania de São Vicente. O Juqueriquerê serviu como o divisor das Capitanias de Santo Amaro e São Vicente.
O Juqueriquerê é o maior rio navegável do Litoral Norte. É formado pelo encontro dos rios Pirassununga e Camburu e tem 13 quilômetros de extensão entre sua nascente e a foz na praia da Flexeiras, onde deságua. Tem profundidade que varia de 2,10 a 1,30 metros. Em sua foz, bastante assoreada, em períodos de maré baixa, sua profundidade chega a atingir 30 centímetros. Possui manguezais e rica flora e fauna.
O rio foi responsável pela exportação de laranja e banana para a Inglaterra, a partir de 1927, quando da implantação da Fazenda São Sebastião, mais conhecida como Fazenda dos Ingleses. O Juqueriquerê também serviu como divisa entre Caraguá e São Sebastião entre 1636 e 1948, quando um decreto estadual, transferiu a divisa das duas cidades para o rio Pereque-Mirim. O rio corta importantes bairros de Caraguá como o Porto Novo, Barranco Alto e Morro do Algodão.
Uma outra grande atração do rio é a ponte em arcos, construída na década de 30, uma das duas ainda existentes no estado de São Paulo, segundo o DER. Uma ponte no mesmo modelo existe em Cachoeira Paulista. A ponte com quarenta metros de comprimento por oito metros de altura (arcos) é considerada uma verdadeira obra de arte pela engenharia. Naquela época, pontes com arcos, eram necessárias para dar sustentação a grandes vãos como era o caso do rio Juqueriquerê. Antes da construção da ponte, moradores, animais e carros eram transportados por chatas de madeira.
Com a desativação da Fazenda dos Ingleses, na década de 60, o rio deixou de receber as chatas que transportavam frutas e hortifrutigranjeiros para a Inglaterra. Na década de 70 passou a receber as marinas náuticas. Atualmente, existem cinco marinas instaladas ao longo do rio.
A degradação do rio, provocada por ocupações desordenadas e o lançamento de esgoto doméstico em seu leito, fez com que estudantes da Escola Ismael Iglesias lançassem em 2003 o Projeto Rio Juqueriquerê Pede Socorro com o objetivo de sensibilizar e conscientizar a comunidade sobre a importância do rio. O projeto ganhou destaque internacional, chegou a ser relacionado no Institucional Global Water Coalition .
A Prefeitura de Caraguatatuba, por meio da Secretaria de Obras Públicas, iniciou a concorrência pública para as obras do enrocamento na foz do Rio Juqueriquerê. O empreendimento tem como principal objetivo melhorar a drenagem do município, além de proporcionar melhores condições à comunidade pesqueira e melhorar a navegação de embarcações no local. As obras estão orçadas em R$ 40 milhões.